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专利名称：确定乳腺癌环境中fkbpl表达水平的测定方法
技术领域：
本发明涉及就激素反应性癌症例如卵巢癌、子宫内膜癌、乳腺癌和前列腺癌而言 FKBPL作为用于作出癌症治疗决定的生物标志物和还作为癌症进展和无疾病存活的预测性标志物的用途。
背景技术：
乳腺癌是目前为止在女性中最为常见的癌症，每年全球有约一百万妇女被诊断患有该疾病。仅在英国，每年约45，500名女性被诊断患有乳腺癌。当前，评价所有乳腺癌患者的雌激素受体(ER)和孕酮受体(PR)状态，以确定各患者对内分泌或激素疗法的适合性。内分泌或激素疗法是用以治疗患乳腺癌女性的药剂， 所述女性在其乳腺癌细胞上具有允许激素结合的激素受体，内分泌或激素疗法包括抗雌激素，例如他莫昔芬和氟维司群，以及作用在于降低体内雌性激素水平的芳香酶抑制剂。他莫昔芬通常被提供给所有雌激素受体阳性(ER+)患者。然而，这些患者中的仅约60%表现对他莫昔芬的反应，而ER+肿瘤中的高达40%对他莫昔芬无反应或产生对他莫昔芬的抗性(非反应体受试者)。由于他莫昔芬已知增加子宫内膜癌的风险，向有非反应肿瘤的受试者(非反应体受试者)提供他莫昔芬不必要地将这些受试者的风险增至进展子宫内膜癌的风险。当前，用大量基因阵列组进行尝试，并预测疾病复发的可能性和确定对患者最为适当的治疗。一此种基因组(gene panel)称作Oncotype DX0该基因组不能用来选择女性用于他莫昔芬疗法。它仅预测用他莫昔芬治疗的患者中的复发和她们是否很可能受益于辅助化疗。该测定法需要福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的组织。称作MammaPrint的另一组测量独立于治疗的乳腺癌复发。该组需要由最少30%恶性细胞组成的新鲜组织。Oncotype DX测量21种基因(16种癌症基因和5种参照基因)的RNA水平，所述水平展现与远处乳腺癌复发的一致统计学联系，以及与化疗益处相关的强大的预测能力。 MammaPrint测量被认为最能提供与肿瘤复发可能性相关的信息的70种基因的RNA水平。 这两种测定法都需要昂贵复杂的设备。准确预测受试者对内分泌疗法的反应会防止在潜在有害的药物可能不提供治疗性益处时，用所述药物治疗潜在的非反应体。另外，确定会受益于诸如他莫昔芬疗法的内分泌疗法的癌症患者，会允许此类药物方案的针对性，并因而提供健康经费上的减少。此外，预测癌症进展/无疾病存活的能力会使得能够设计特异治疗策略，以预防例如手术和化疗/内分泌疗法后的转移。发明概述本发明人已确定，FKBPL除作为癌症进展和无疾病存活的预测性标志物外，还能够提供对内分泌疗法的患者反应的指示。FKBPL是抑免蛋白样蛋白，其在细胞胁迫反应中起作用且包括与在类固醇激素受体信号传导中起作用的其它抑免蛋白的Hsp90相互作用位点同源的3个34肽重复序列 (tetratrico!peptide repeat，TPR)基序。
因此，本发明的第一方面提供表征癌症组织的方法，包括测定测试组织样品中至少FKBPL、FKBPL的变体或者FKBPL或FKBPL的变体的片段的表达水平，将所测定水平与对照标准或对照样品中FKBPL的表达相比较；其中在测试组织样品中，如与所述对照标准或对照样品中FKBPL的表达相比的 FKBPL的差异表达是对癌症组织特征的指示。优选地，编码FKBPL(H(506结合蛋白样)的基因是Π(506蛋白样，如Genbank登录号 AF139374 和 Genbank 登录号 AF139374. 1 所定义，这如 Robson 等人.(1997) Gene regulation by low dose ionizing radiation in a normal human lung epithelial cell line(正常人肺上皮细胞系中借助低剂量电离辐射的基因调节)，Biochem. Soc. Trans. 25 (1)，335-342 所公开。任选地，所述方法还可以包括从受试者获得生物样品。FKBPL可由以下核苷酸序列编码登录号NM_022110
atggagacgc caccagtcaa tacaattggagaaaaggaca cctctcagcc gcaacaagag tgggaaaaga accttcggga gaaccttgattcagttattc agattaggca gcagccccga gaccctccta ccgaaacgct tgagctggaagtaagcccag atccagccag ccaaattcta gagcatactc aaggagctga
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atggagacgc caccagtcaa tacaattggagaaaaggaca cctctcagcc gcaacaagag tgggaaaaga accttcggga gaaccttgattcagttattc agattaggca gcagccccga gaccctccta ccgaaacgct tgagctggaagtaagcccag atccagccag ccaaattcta gagcatactc aaggagctga
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gtttggctgattaaaagtta aaccttaaaa gagaaaaaaa aaaaaaa (SEQ ID No 3)并具有以下氨基酸序列METPPVNTIGEKDTSQPQQEWEKNLRENLDSVIQIRQQPRDPPTETLELEVSPDPASQILEHTQGAEKLVAELEGDSHKSHGSTSQMPEALQASDLWYCPDGSFVKKIVIRGHGLDKPKLGSCCRVLALGFPFGSGPPEGWTELTMGVGPWREETWGELIEKCLESMCQGEEAELQLPGHTGPPVGLTLASFTQGRDSffELETSEKEALAREERARGTELFRAGNPEGAARCYGRALRLL
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YRRGVAQAALGNLEKATADLKKVLAIDPKNRAAQEELGKVVIQGKNQDAGLAQGLRKMFG(SEQ ID No 4)。特别地，本发明人已确定，稳定表达FKBPL的雌激素受体阳性(ER+)肿瘤细胞或癌症具有以下特征它们对抗雌激素药剂、例如他莫昔芬和氟维司群高度敏感。为支持这一工作，本发明人已确定，FKBPL的siRNA敲低显著增加ER+细胞对他莫昔芬的抗性，并提示 FKBPL水平可以预测癌症进展和无疾病存活。差异表达的意思是，在检测测试组织样品和对照样品中的FKBPL后，可以对FKBPL 在样品中的水平评分，例如0 (无可检测的FKBPL)，1 (低可检测水平的FKBPL)，2 (中等可检测水平的FKBPL)，3 (高可检测水平的FKBPL)，并随后比较测试样品和对照样品间的所检测水平。检测可以是通过例如根据FKBPL适当免疫组织化学的染色。可选择地，检测可以允许对测试样品和对照样品中FKBPL的定量测量。在实施方式中，可以在用任何药剂治疗前评价FKBPL水平，并且FKBPL在该点的水平被评分作0、1、2或3。所述值随后可以用于预测对ER调节药物、化疗/放射或新药物的反应。在实施方式中，不会需要在每一治疗后再评估FKBPL水平，以确定患者是否会反应。高度敏感指，相比表达降低水平的FKBPL的肿瘤细胞，在用激素药剂或抗雌激素药剂治疗癌症细胞后，大于80 %、更优选大于85%、更优选大于90%、更优选大于95%、甚至更优选大于99%的肿瘤细胞更可能被抑制增殖(对治疗反应)。关于癌症，高度敏感的癌症指，相比患有表现降低水平FKBPL的癌症的癌症受试者，在治疗癌症受试者后，该癌症大于80 %、更优选大于85 %、更优选大于90 %、更优选大于98 %和甚至更优选大于99 %更可能被抑制。如果癌症的至少一种症状被缓解、终结、放缓或预防，那么癌症被抑制。如本文所用，如果癌症的复发或转移被减少、减缓、延迟或预防，那么癌症也被抑制。在本发明实施方式中，抗雌激素药剂可以选自选择性雌激素受体调节剂、选择性雌激素受体下调剂或芳香酶抑制剂。此类抑制剂的实例提供在表1中。ER+细胞通常会对他莫昔芬反应，但相比对照增加的FKBPL水平的存在与ER+组合，造成肿瘤细胞或癌症对此类内分泌药物敏感性的显著额外增加。表1可提供内分泌药物的实例。
权利要求
1.一种表征癌症组织的方法，包括测定测试生物样品中FKBPL、FKBPL变体和FKBPL或FKBPL变体的片段中的至少一种的表达水平；将所测定的FKBPL水平与对照标准或对照样品中FKBPL或FKBPL变体或其片段的表达相比较；确定与对照标准或对照样品中FKBPL的表达相比，在所述样品中是否存在FKBPL的差异表达；和表征所述癌症组织，其中表征所述癌症组织是确定选择性调节癌症组织中存在的雌激素受体或降低癌症组织中雌激素循环水平的药剂是否会减少所述癌症的进展，或确定包含所述癌症组织的受试者具有无癌症疾病存活的可能性。
2.如权利要求1所述的方法，其中确定FKBPL的表达水平包括测量FKBPL编码基因的表达产物的水平。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述表达产物是mRNA或蛋白。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中使用具有对FKBPL的结合特异性的抗体或其结合片段测定所述表达产物。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中在用任何药剂治疗前评价FKBPL水平，并且对FKBPL水平定性评分，以预测治疗结果或对治疗的潜在反应。
6.一种用于预测药剂减少癌症进展的能力的试剂盒，其中所述药剂能够选择性调节癌症组织中存在的雌激素受体或降低癌症组织中雌激素的循环水平，所述试剂盒包括用于在生物样品中检测FKBPL、FKBPL变体和其片段的转录物或蛋白中的至少一种的工具以及 FKBPL对照标准或能够表达FKBPL的对照样品。
7.如权利要求6所述的试剂盒，其中用于在生物样品中检测的所述工具是具有对 FKBPL、FKBPL变体、其片段的转录物或蛋白中的至少一种的结合特异性的抗体。
8.如权利要求6所述的试剂盒，其中用于在生物样品中检测的所述工具是具有对 FKBPL、FKBPL变体或其片段的转录物中的至少一种的结合特异性的核酸探针。
9.一种治疗癌症受试者的方法，包括以下步骤测定测试生物样品中FKBPL、FKBPL变体和FKBPL或FKBPL变体的片段中的至少一种的表达水平，将所测定表达水平与对照标准或对照样品中FKBPL、FKBPL变体或者FKBPL或FKBPL变体的片段的表达相比较，其中当所述测试样品中FKBPL的表达水平相对于对照标准或对照样品中FKBPL的表达增加时，用ER调节药物、化疗/放射或可选择的治疗药剂治疗受试者。
10.如权利要求9所述的方法，其中当所述测试样品中FKBPL的表达水平相对于对照标准或对照样品中FKBPL的表达增加时，向受试者提供选择性调节癌症组织中存在的雌激素受体或降低癌症组织中雌激素循环水平的药剂。
11.一种监测对癌症受试者的治疗的方法，包括以下步骤测定测试生物样品中FKBPL、FKBPL变体和FKBPL或FKBPL变体的片段中的至少一种的表达水平，将所述测试样品中所测定的表达水平与对照癌症样品中FKBPL的表达相比较，其中在使用药剂的癌症治疗方案前已从受试者获得所述对照癌症样品，并且在使用所述药剂的癌症治疗方案后或在使用所述药剂的癌症治疗方案期间已从受试者获得所述测试癌症样品， 其中当FKBPL的表达水平在所述测试样品中相对于所述对照样品降低时，指示所述癌症对所述药剂较不敏感。
12.—种监测患癌症受试者的肿瘤进展的方法，包括以下步骤测定测试生物样品中FKBPL、FKBPL变体和FKBPL或FKBPL变体的片段中的至少一种的表达水平，将所述测试样品中所测定的表达水平与对照癌症样品中FKBPL的表达相比较，其中在癌症治疗方案前已由受试者提供所述对照癌症样品，并且在癌症治疗方案后或在癌症治疗方案期间已由受试者提供所述测试癌症样品，其中当FKBPL的表达水平在所述测试样品中相对于所述对照样品降低时，指示所述肿瘤会进展并且受试者具有降低的无疾病存活可能性。
13.—种诊断、监测或预后受试者中的癌性或恶性病症的方法，所述方法包括(i)提供来自受试者的第一样品，(ii)测定所述第一样品中FKBPL、FKBPL变体和FKBPL片段中的至少一种的表达水平，(iii)将所述第一样品中所测定的水平与对照样品中FKBPL的表达相比较；其中当FKBPL的表达水平在所述测试样品中相对于所述对照样品降低时，指示受试者具有会降低受试者具有无疾病存活的可能性的癌性或恶性病症。
14.一种优化现有抗癌症治疗药剂的方法，所述方法包括以下步骤(i)提供第一样品，( )提供第二样品，其中所述第二样品已暴露于治疗药剂，(iii)测定FKBPL、FKBPL变体和FKBPL或FKBPL变体的片段中的至少一种在所述第一样品和所述第二样品中的表达水平，和(iv)比较所述的FKBPL、FKBPL变体和FKBPL或FKBPL变体的片段中的至少一种在所述第一样品和所述第二样品中的表达水平，其中FKBPL表达水平的增加指示所述治疗药剂是在提供积极作用。
15.一种测试用于治疗癌症的疗法或新治疗药剂的方法，所述方法包括(i)提供第一样品，( )提供第二样品，其中所述第二样品已暴露于所述新疗法或新治疗药剂，(iii)测定FKBPL、FKBPL变体和FKBPL或FKBPL变体的片段中的至少一种在所述第一样品和所述第二样品中的表达水平，和(iv)比较所述第一样品和所述第二样品中的FKBPL表达水平，其中当FKBPL的水平增加时，这指示所述新疗法或新治疗药剂具有积极作用。
全文摘要
公开了将FKBPL用作受试者对癌症治疗中内分泌疗法的敏感性的标志物和用作与激素反应性癌症相关的癌症进展和无疾病存活的预测性标志物的方法。
文档编号G01N33/574GK102428370SQ201080021847
公开日2012年4月25日 申请日期2010年5月19日 优先权日2009年5月19日
发明者克里斯多佛·伯恩, 大卫·赫斯特, 海莉·麦基恩, 特蕾西·罗布森 申请人:英国贝尔法斯特女王大学